Xenocrate nacque intorno al 396 A.C. in Calcedonia. Studiò con Platone, entrando nell'Accademia intorno al 376 e diventandone capo nel 340. Il suo lavoro principale è stato quello di codificare il pensiero Platonico.
Xenocrate concordava con Pitagora sull'importanza dei numeri. Si ritiene che abbia scritto due libri, nessuno dei quali però ci è pervenuto: Sui numeri e La teoria dei numeri. Xenocrate fu inoltre uno dei primi sostenitori della teoria atomica.
Xenocrate è importante, in probabilità, per la formulazione del primo problema combinatorio: il calcolo del numero di sillabe che possono essere costruite con le lettere dell'alfabeto. Secondo Plutarco, al soluzione trovata da Xenocrate era 1002000000000.